一般来说，游艇上的空调最好是在停航时使用，航海时不要开启，回到港池发动机停止运行是可以开动空调。这时可以使用岸电。

游艇基本上都配备了空调系统。游艇的空调系统使用海水进行冷却，所以海水过滤器需要根据水域状况进行定期清洁，但最少需要每三个月进行一次。蒸发器的进风口内，安置有空气过滤器，用于过滤空气中的灰尘、花粉等杂物；根据所在地空气环境，也需要定期清洁和替换过滤器，但最少每两年须替换过滤器一次。

蒸发器根据其表面清洁情况，需要定期进行清洗。如果是冷冻水循环式空调系统，还需要定期检查循环水的压力，如果压力低于额定值，则需要进行补充循环水。空调系统的使用保养，如果做到以上所提事项，则基本可保证了健康无忧的使用空调了。